这个问题有些尴尬啊。
要是都拣出来说，明朝由16个皇帝，清朝有12个，一对一都无法比较。
下面“静Yes”就从明清的几个不同阶段进行一个横向对比，分别选取开国、开拓、守成、中衰、中兴以及末世，并分别从明清帝王中选取一名代表帝王进行比较：
1、开国之君：朱元璋VS努尔哈赤
作为中国历史上最后一个汉人大一统王朝的建立者，朱元璋文治武功在明清所有皇帝中都可堪第一。
从濠州起义到最后登上大一统皇位，朱元璋经历了从和尚到皇帝的华丽转身，在数十年的奋斗中，朱元璋先后击败了陈友谅、张士诚，王保保等各大势力，成功建立起地域辽阔的大明帝国。
在王朝的建设中，朱元璋废除丞相制度，将大一统制度推向一个新的高度。设立卫所制度，将广大区域进行有效的驻军统治，明朝在朱元璋时期，版图达到最大。同时，朱元璋大力肃贪，使明朝的官场为之一振。
在对外关系上，明朝重新建立起了以明朝为中心的藩贡体系。
而清太祖努尔哈赤，从深山老林走出，以十三副铠甲起兵，最终成为东北地区的重要力量。
努尔哈赤最大的功绩是创立八旗制度，这是女真人中兵农合一的制度，并一直延续到了清朝灭亡。
在努尔哈赤另一个功绩时间建立后金，这是清朝的前身。在努尔哈赤有生之年，主要做两件事，一是进攻明朝，打赢萨尔浒之战，而是不断征讨漠南蒙古。
努尔哈赤和朱元璋一样，也是一个优秀的军事家，但是努尔哈赤在开疆拓土和文治武功相比于朱元璋，还是差出很多的！
2、开拓之君：朱棣VS康熙
作为靠篡位上台的天子，朱棣内心满满的放荡不羁，表现在当上皇帝后做了很多前人想都不敢想的大事：
修《永乐大典》；五次北伐蒙古；收复安南；设立奴儿干都司；设置哈密卫；设置承宣布政使司；发起郑和下西洋等。
在文治上，朱棣创立内阁制度，成为明朝的主要政治制度之一。
康熙作为清朝入关后的第二位皇帝，也是历史上在位时间最长的皇帝，康熙在位期间，也做了很多大事：
除鳌拜掌权；平定三藩之乱；平定台湾；两次击败沙俄签订《尼布楚条约》；收服喀尔喀蒙古、两次御驾亲征击败噶尔丹；驱逐准噶尔收复西藏等。
在文治上，康熙虽然起用汉臣，学习汉化，同时主动学习西方先进科技，但是在民间康熙不断网罗文字狱，知识分子被大量打压。
朱棣和康熙都是当朝的伟大皇帝，都为所在王朝的繁荣奠定了坚实基础，因此都被后世追封为“祖”。但是朱棣相比之下，康熙在开疆拓土方面，建树要远远大于朱棣。
3、守成之君：朱瞻基VS乾隆
朱棣之后，明朝进入“仁宣之治”时代，大明的国力也达到巅峰。
由于朱高炽在位时间太短，因此重点突出明宣宗朱瞻基。朱瞻基时代，继续执行朱棣时代的内外政策，比如第七次派遣郑和下西洋以及第八次王景弘下西洋。
但是在对外政策上，朱瞻基时代开始大规模收缩，比如撤销奴儿干都司，放弃交趾承宣布政使司，在对蒙问题上继续执行收缩政策。
文治方面，朱瞻基时代提升了内阁地位，同时为太监干政埋下了伏笔。
相比之下，乾隆皇帝的动作要大了很多。首先，乾隆收复了新疆，将游离中原千年的西域重新归入版图，在西南方面，击败廓尔喀对西藏的入侵，维护了领土完整。
在文治方面，乾隆时期腐败日趋严重，出现了和珅这样的大贪官，同时大兴文字狱，思想禁锢更为严重。
在守成方面，乾隆的动作要比朱瞻基要大，取得的效果也更为显著。但是乾隆时期的腐败比朱瞻基时代严重很多，总体上乾隆要更胜一筹。
4、中衰之君：朱祁镇VS道光
朱祁镇时代，1449年发生了撼动明朝根基的“土木堡之变”，明英宗朱祁镇被俘，明朝北方精锐被席卷一空，如果没有于谦力挽狂澜，明朝将提前进入南明小朝廷时代。
但是在明代宗朱祁钰的主持下，明朝击退瓦剌军队对北京的大举进攻，稳住了局势，并使瓦剌放回了朱祁镇。
明朝在经历了如此重大的变故后，国力没有受到巨大损失。不过，明朝由此进入了衰落时代。
道光时期也是清朝的衰落时期，这一趋势从乾隆后期开始一直蔓延到此，被称为“嘉道中衰”。道光年间，爆发了鸦片战争，中国开始了屈辱的半殖民地半封建社会的进程。
不过有一点，道光平定了新疆张格尔叛乱，有力维护了西北地区的稳定。
相比之下，明朝和清朝在面对衰落时不分伯仲。
5、中兴之君：朱佑樘VS同治
明朝在朱佑樘出生时，已经进入了漫长的衰落时期，此时的朱佑樘成为明朝有名的中兴之君。
明孝宗朱佑樘最大的功绩，就是指挥明军收复了哈密卫，再次将明朝势力延伸到新疆境内。
在文治上，朱佑樘选贤用能，使明朝国力得到一定程度的振兴。
而清朝就差出很远了。同治时期出现了清朝的“同光中兴”，但是把持大权的，是慈禧和慈安太后，慈安死后，慈禧成为清朝的实际掌权者。加上同治英年早逝，后来的光绪基本就是慈禧的傀儡。
在同治时期，清朝正在进行洋务运动，取得一定的效果。但是清朝内部不稳，而且不断遭受外来侵略，最重要的是内部官僚相互倾轧，因此清朝的中兴可谓一塌糊涂。
相比之下，明朝要比清朝强太多。
6、亡国之君：崇祯VS溥仪
1644年，崇祯自缢煤山，所谓“君王死社稷”，崇祯在位17年，明朝在风雨飘摇中最终走到了尽头。
崇祯皇帝有勇有谋，但是性格狭隘，最终导致君臣离心，无法避免覆亡的命运。最终选择了自缢殉国的方式。
而清朝的最后一任皇帝溥仪，在登基时只有三岁，退位时只有六岁，完全就是傀儡的身份。由于中华民国没有对清王室进行报复，因此溥仪得到了善终。
不过在清朝灭亡后，溥仪还参与了1917年张勋复辟，1932年伪满洲国称帝等一系列不得民心的事件，最终也导致溥仪名声变差。
相比崇祯的壮烈，溥仪形象矮了很多。
明清皇帝，各有各的特色，不可能进行一个肯定的比较结果。不过相比之下，清朝皇帝总体来说还是要稍微在线一些！
多有疏漏，烦请斧正！
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